此外，
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，扁被控教唆辦公室主任林德訓，
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，在國務機要費貪汙案中作偽證，
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，二審判決扁無罪，
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，遭最高法院撤銷發回高院更審，
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，目前合議庭裁定停止審判；另外，
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，二次金改弊案中，
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，扁被控收受國泰蔡家3億元，
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，高院更一審審理中。而扁涉及的國務機要費及南港展覽館洗錢部分，
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，更一審引用大水庫理論判扁無罪，遭最高法院撤銷後，目前更二審審理中；扁被控侵占隱匿國家機密案，特偵組去年起訴後，北院已裁定停止審判。至於檢方偵查中案件，尚有北檢尚未偵結的扁另起洗錢案。，